この彩色は見やすいようにしているため、わざと変更しています。

これはレイヤーの下地になります。
主線の完成後、[表情主線レイヤー]以外を背景ごと統合し、それをコピー。
ヒストリーを使用して結合前に戻し、背景の前に新レイヤーとしてコピーをペースト。
それを色調補正の二階調化(白と黒のみ2色)を行い(普段使用は二階調化のレベルは15)
選択範囲の色指定にて白を選択し、選択範囲内をまず削除。
選択範囲を残したまま、それをマスクとして使用し、黒の実線も隠します。
このレイヤーを複製し、各自[表情レイヤー][肌レイヤー][髪レイヤー][服レイヤー]を作っていきます。
上部のサンプル絵は
[表情レイヤー]:2枚(白眼と黒眼)、[肌レイヤー]：1枚、[服レイヤー]：7枚
となっています。
その後、各々のレイヤーの上に前面の塗りつぶしたレイヤーを結合(もしくはリンク)させてから、本塗りに入ります。

この方式でやると、塗り忘れが後から発覚しても、手間なく塗り重ねができる所があげられますが、
レイヤー数が超過しやすいため、マシンパワーのない方にはあまりお勧めできる方法ではありません。